COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 17.164843 17.164843 16.747460
2021-02-26 17:00:00 18.988995 18.988995 16.614524
2021-02-25 17:00:00 19.084453 19.084453 16.371469
2021-02-24 17:00:00 15.522896 15.522896 16.065088
2021-02-23 17:00:00 14.933375 14.933375 15.738106
2021-02-22 17:00:00 16.860720 16.860720 15.414411
2021-02-21 17:00:00 13.928205 13.928205 15.128443

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 12.965668 12.965668 11.404082
2021-02-26 17:00:00 19.241983 19.241983 11.513966
2021-02-25 17:00:00 12.611047 12.611047 11.372096
2021-02-24 17:00:00 11.334746 11.334746 11.225298
2021-02-23 17:00:00 10.956108 10.956108 11.197580
2021-02-22 17:00:00 4.696280 4.696280 11.205075
2021-02-21 17:00:00 5.152105 12.392215 11.238927

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 13.714286 13.714286 13.882335
2021-02-26 17:00:00 13.509317 13.509317 14.097948
2021-02-25 17:00:00 16.358839 16.358839 14.010325
2021-02-24 17:00:00 18.281938 18.281938 13.829578
2021-02-23 17:00:00 15.961945 15.961945 13.770864
2021-02-22 17:00:00 18.222222 5.408971 13.755562
2021-02-21 17:00:00 9.878419 9.878419 13.745195

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 8.151700 8.151700 7.990586
2021-02-26 17:00:00 8.992537 8.992537 8.033692
2021-02-25 17:00:00 8.279983 8.279983 8.058755
2021-02-24 17:00:00 11.834823 7.535121 8.048409
2021-02-23 17:00:00 5.814536 5.814536 7.979528
2021-02-22 17:00:00 12.102564 5.914787 8.017539
2021-02-21 17:00:00 8.709016 8.709016 8.002164

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 15.083418 15.083418 14.358552
2021-02-26 17:00:00 18.623392 18.623392 14.178131
2021-02-25 17:00:00 15.792610 15.792610 13.902606
2021-02-24 17:00:00 16.280456 16.280456 13.668274
2021-02-23 17:00:00 35.623915 10.867262 13.472050
2021-02-22 17:00:00 17.385016 9.241178 13.300768
2021-02-21 17:00:00 12.256968 12.256968 13.085994

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 33.272251 33.272251 30.526564
2021-02-26 17:00:00 36.965260 26.514499 30.916559
2021-02-25 17:00:00 28.843500 28.843500 30.881159
2021-02-24 17:00:00 22.643605 22.643605 30.383674
2021-02-23 17:00:00 34.187298 34.187298 29.705976
2021-02-22 17:00:00 51.291308 51.291308 29.365524
2021-02-21 17:00:00 34.037861 34.037861 29.014736

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 18.787635 18.787635 13.386455
2021-02-26 17:00:00 16.678546 16.678546 13.253270
2021-02-25 17:00:00 19.688671 9.166907 12.968532
2021-02-24 17:00:00 15.978399 15.978399 12.760927
2021-02-23 17:00:00 10.841206 10.841206 12.530436
2021-02-22 17:00:00 17.726161 5.820955 12.372205
2021-02-21 17:00:00 18.020305 18.020305 12.216556

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 7.032106 7.032106 6.023217
2021-02-26 17:00:00 8.462554 5.762675 5.990595
2021-02-25 17:00:00 16.893073 7.199358 5.959672
2021-02-24 17:00:00 5.912213 5.912213 5.912669
2021-02-23 17:00:00 4.410160 4.410160 5.826964
2021-02-22 17:00:00 10.667000 4.994152 5.733413
2021-02-21 17:00:00 7.537399 7.537399 5.670211

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 13.033791 13.033791 12.878547
2021-02-26 17:00:00 13.764706 13.764706 12.697484
2021-02-25 17:00:00 14.814815 14.814815 12.551441
2021-02-24 17:00:00 10.074231 10.074231 12.356052
2021-02-23 17:00:00 12.110617 12.110617 12.102167
2021-02-22 17:00:00 10.104012 11.474192 11.803178
2021-02-21 17:00:00 14.785992 14.785992 11.599089

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 31.014579 31.014579 27.136235
2021-02-26 17:00:00 30.256955 30.256955 26.609202
2021-02-25 17:00:00 27.240627 27.240627 26.084372
2021-02-24 17:00:00 26.376604 26.376604 25.516182
2021-02-23 17:00:00 26.165858 26.165858 25.030211
2021-02-22 17:00:00 22.343773 22.343773 24.525334
2021-02-21 17:00:00 22.186921 22.186921 23.995276

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 13.491124 13.491124 14.481497
2021-02-26 17:00:00 19.741007 19.741007 14.480103
2021-02-25 17:00:00 13.013333 13.013333 14.206549
2021-02-24 17:00:00 17.721519 17.721519 14.092297
2021-02-23 17:00:00 11.756374 11.756374 13.841185
2021-02-22 17:00:00 22.328244 15.274189 13.348168
2021-02-21 17:00:00 11.940299 11.940299 13.143535

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 8.213820 8.213820 8.891372
2021-02-26 17:00:00 12.805474 12.805474 9.088071
2021-02-25 17:00:00 8.632138 8.632138 9.347631
2021-02-24 17:00:00 9.090909 9.090909 9.440691
2021-02-23 17:00:00 8.049536 2.929577 9.152043
2021-02-22 17:00:00 12.241888 12.241888 8.972131
2021-02-21 17:00:00 7.127660 7.127660 8.914417

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 75.714286 75.714286 76.482528
2021-02-26 17:00:00 69.721116 69.721116 77.310605
2021-02-25 17:00:00 80.135440 80.135440 76.881901
2021-02-24 17:00:00 80.498866 80.498866 76.317754
2021-02-23 17:00:00 114.024390 114.024390 76.898156
2021-02-22 17:00:00 62.033898 62.033898 76.038764
2021-02-21 17:00:00 59.280303 59.280303 75.147206

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 59.098787 91.420912 93.014701
2021-02-26 17:00:00 89.769821 89.769821 91.868419
2021-02-25 17:00:00 114.366197 114.366197 91.573732
2021-02-24 17:00:00 88.366337 88.366337 90.056091
2021-02-23 17:00:00 75.570033 75.570033 88.611000
2021-02-22 17:00:00 28.037383 136.448598 89.133317
2021-02-21 17:00:00 77.083333 77.083333 87.968791

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 17.064062 17.064062 15.853599
2021-02-26 17:00:00 16.592367 16.592367 15.790444
2021-02-25 17:00:00 19.306865 19.306865 15.615896
2021-02-24 17:00:00 18.205739 18.205739 15.361536
2021-02-23 17:00:00 13.337679 13.337679 15.136998
2021-02-22 17:00:00 19.126010 9.178397 14.725733
2021-02-21 17:00:00 14.354752 14.354752 14.490069

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 23.528179 23.528179 23.935177
2021-02-26 17:00:00 23.101067 23.101067 23.815657
2021-02-25 17:00:00 28.430648 28.430648 23.580613
2021-02-24 17:00:00 22.589469 22.589469 23.430546
2021-02-23 17:00:00 14.436064 20.046279 22.901264
2021-02-22 17:00:00 13.557312 34.545455 22.650172
2021-02-21 17:00:00 45.038622 18.905100 22.282118

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 3.878734 3.878734 3.765485
2021-02-26 17:00:00 3.899721 3.899721 3.674469
2021-02-25 17:00:00 4.132231 4.132231 3.793789
2021-02-24 17:00:00 3.225806 3.225806 3.872548
2021-02-23 17:00:00 2.279340 2.279340 3.848610
2021-02-22 17:00:00 8.555556 8.555556 3.876258
2021-02-21 17:00:00 2.584182 2.584182 3.950174

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 10.349650 10.349650 10.364987
2021-02-26 17:00:00 11.571572 11.571572 10.167226
2021-02-25 17:00:00 11.343449 11.343449 9.989604
2021-02-24 17:00:00 10.662994 10.662994 9.820823
2021-02-23 17:00:00 9.040000 9.040000 9.778491
2021-02-22 17:00:00 9.325487 9.325487 9.531645
2021-02-21 17:00:00 8.808401 8.808401 9.390733

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 9.071866 9.071866 8.408492
2021-02-26 17:00:00 10.627119 8.076271 8.403070
2021-02-25 17:00:00 10.918627 7.585029 8.401502
2021-02-24 17:00:00 8.574287 8.574287 8.369328
2021-02-23 17:00:00 9.122108 9.122108 8.285343
2021-02-22 17:00:00 14.317146 8.222764 8.281084
2021-02-21 17:00:00 8.552748 8.552748 8.235566

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 25.274725 25.274725 27.699113
2021-02-26 17:00:00 31.765835 31.765835 27.798529
2021-02-25 17:00:00 27.958115 27.958115 28.086767
2021-02-24 17:00:00 27.443609 27.443609 28.568567
2021-02-23 17:00:00 23.165340 23.165340 28.385248
2021-02-22 17:00:00 70.802920 25.911708 28.496999
2021-02-21 17:00:00 25.738799 25.738799 28.459721

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 6.666667 6.666667 7.052864
2021-02-26 17:00:00 11.206897 11.206897 6.999444
2021-02-25 17:00:00 2.061856 2.061856 7.112937
2021-02-24 17:00:00 11.965812 11.965812 7.380520
2021-02-23 17:00:00 2.898551 2.898551 7.231478
2021-02-22 17:00:00 43.750000 11.965812 7.322647
2021-02-21 17:00:00 3.968254 3.968254 7.260419

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-27 17:00:00 32.830864 32.830864 30.103033
2021-02-26 17:00:00 35.244671 35.244671 29.509496
2021-02-25 17:00:00 30.325581 30.325581 29.266040
2021-02-24 17:00:00 27.022947 27.022947 28.507860
2021-02-23 17:00:00 35.878378 35.878378 28.007459
2021-02-22 17:00:00 30.829800 30.829800 27.545603
2021-02-21 17:00:00 14.265845 14.265845 27.031317

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 12.965668 12.965668 11.404082
Basilicata 13.714286 13.714286 13.882335
Calabria 8.151700 8.151700 7.990586
Campania 15.083418 15.083418 14.358552
Emilia-Romagna 33.272251 33.272251 30.526564
Friuli Venezia Giulia 18.787635 18.787635 13.386455
Lazio 7.032106 7.032106 6.023217
Liguria 13.033791 13.033791 12.878547
Lombardia 31.014579 31.014579 27.136235
Marche 13.491124 13.491124 14.481497
Molise 8.213820 8.213820 8.891372
P.A. Bolzano 75.714286 75.714286 76.482528
P.A. Trento 59.098787 91.420912 93.014701
Piemonte 17.064062 17.064062 15.853599
Puglia 23.528179 23.528179 23.935177
Sardegna 3.878734 3.878734 3.765485
Sicilia 10.349650 10.349650 10.364987
Toscana 9.071866 9.071866 8.408492
Umbria 25.274725 25.274725 27.699113
Valle d'Aosta 6.666667 6.666667 7.052864
Veneto 32.830864 32.830864 30.103033

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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